Yunnan est une province continentales, pas de mer aux alentours, mais il y a plusieurs fleuves, rivières, lacs, et glaces. Plus de 600 fleuves y traverses, ils appartiennent respectivements aux 6 systèmes fluviaux : fleuve Yangtsé, fleuve de perles (fleuve Nanpan), fleuve Honghe (fleuve Yuanjiang), fleuve Lancang (fleuve Mekong), Fleuve Nujiang (Salween) et fleuve Yiluowadi qui se jettent respectivement dans l’océan pacifique et l’océan indien. A part les sources des fleuves de perles et Honghe qui y ont la source, les autres sont des fleuves qui y passent. Fleuve Nujiang, Lancang, Honghe, Ruili (Yiluowadi) sont des fleuves internationaux, le fleuve Lancang passe par le Laös, la Birmanie, la Thaïlande, le Cambodge et le Viet-Nâm, il est nommé comme le fleuve Danube de l’Orient. C’est très rare pour une province de compter 6 systèmes fluviaux se jettant dans deux océans et 4 fleuves internationaux même dans le monde.

Yunnan dispose également de centaines de lacs dont 37 ayant une surface de plus de 1km2, c’est la province continentale chinoise qui compte plus de lacs. Beaucoup d’entre eux sont fameux tels que les lacs Dianchi, Yangzong, Fuxian, Xingyun, Qilu, Yilong, Erhai, Chenghai et Lugu. La plupart d’entre eux sont formés suite à la faille de couches de sol et sont entourés par les montagnes. L’eau est propre et est favorable pour la reproduction de poisson et crevettes et le réglage de climat, ils ont également la fonction d’irrigation et de transport, beaucoup de lacs sont sites touristiques.

Les sources du Yunnan sont largement réparties, il y a plus de 1200 sources thermales, soit 1/3 de celles en Chine, et le nombre de sources thermales occupe la première place en Chine. Dans chaque district il y a toujours de sources thermales avec de débit important, l’eau chaude sortante est d’environ 360 millions de m3, deuxième place en Chine. Kunming est la ville de sources thermales, Eryuan est la ville d’eau chaude, Tengchong est le pays natal de la géothermie.